蛋白质-配体结合自由能计算与构象采样：方法演进与前沿应用

一、引言

1.1研究背景与意义

蛋白质作为生命活动的主要承担者，参与了生物体内几乎所有的生理过程，如代谢、信号传导、免疫防御等。蛋白质的功能实现往往依赖于其与其他分子（如配体）的相互作用，这种相互作用在分子层面上精准调控着生命活动的各个环节，对维持生物体的正常生理功能起着至关重要的作用。例如，在细胞信号传导过程中，配体与受体蛋白的特异性结合能够激活细胞内的信号通路，引发一系列的生理反应，从而实现细胞间的通讯和协调；在代谢过程中，酶作为特殊的蛋白质，通过与底物配体的相互作用，高效催化化学反应，确保代谢途径的顺畅进行。

在药物研发领域，