消化系统影响
刺激胃黏膜：小苏打中的碳酸氢钠可能刺激胃黏膜，引起恶心、呕吐、腹泻等症状。长期服用碳酸氢钠还可以中和胃酸影响消化，出现食欲不振、反胃等现象。此外，大量口服小苏打或其制品时会在胃内产生大量二氧化碳气体，引起胃肠充气，造成腹胀腹痛，患者易出现嗳气现象，甚至可能导致局部溃疡、穿孔等症状，特别是老年人及上消化道有疾病的人要慎用。
影响胃酸分泌：小苏打是碱性物质，在胃中会中和一部分胃酸，造成胃酸减少，对食物消化不利。长期大量摄入小苏打，会影响胃酸分泌，使食物消化不充分，营养吸收利用率降低，容易引起营养不良等问题。同时，过量使用小苏打还可能刺激引起继发性的胃酸分泌增加，加重胃肠道黏膜的损害。
引发碱中毒
破坏酸碱平衡：人体自身有着严格的调节机制将体液的PH严格控制在7.35-7.45之间。过量摄入小苏打可能导致体内碱性物质超标，破坏人体的酸碱平衡，造成人体碱中毒。轻者会恶心、抽搐，重者昏迷。长期服用小苏打做食品添加剂的食物，或长期服用含小苏打的药物，都可能增加碱中毒的风险。
特殊人群风险高：肾功不全的人群使用过量的小苏打会出现口腔异味、呼吸缓慢、肌肉抽搐等症状，严重时会引起心脏骤停、肾衰竭。因为这类人群肾脏对体内酸碱平衡的调节能力较弱，使用小苏打更容易出现碱中毒等不良反应。
其他系统影响
心血管系统：长期服用碳酸氢钠会因为钠负荷过量，出现水钠潴留引起水肿，加重心脏的负荷，影响血压。
泌尿系统：长期服用碳酸氢钠会导致肾脏的代谢性碱中毒，尤其是对肾功能不全的人，会影响其排尿以及肾脏的分泌功能。
影响营养吸收：小苏打对食物中的维生素B1、维生素B2和维生素C有较强的破坏作用，同时会影响人体对某些矿物质的吸收和利用。长期大量摄入小苏打，可能导致这些营养素的缺乏。
干扰钙吸收：长期大量服用碳酸氢钠会导致缺钙，出现骨质疏松等症状。
皮肤影响
皮肤干燥皲裂：皮肤长期接触高浓度的小苏打会使皮肤缺水，干燥，起皮甚至皲裂。因此，长期使用小苏打做家庭清洁时最好带上胶皮手套，并控制好浓度。
皮肤过敏：小苏打里有致敏物质，皮肤敏感的人群使用不当会出现皮肤过敏的反应，皮肤会发红发痛、出水疱。
毛发及皮肤护理方面
损伤头发：不要使用小苏打洗头发，因为它会使发丝缺乏滋养，容易断裂、干枯。
灼伤皮肤：不适宜长期用小苏打洗脸去黑头，小苏打会破坏健康的皮肤，灼伤皮肤，容易引发刺激性皮炎。