用比较蛋白质组学技术筛选口腔黏膜上皮细胞体外癌变的相关蛋白比较蛋白质组学技术
目的：探讨口腔黏膜上皮细胞在体外癌变不同阶段表达的差异蛋白质。方法：以口腔黏膜上皮细胞体外癌变模型为对象，采用双向凝胶电泳技术和图像分析软件PDQuest分离和分析不同阶段细胞间的差异蛋白质点，采用LC-MS/MS质谱分析系统鉴定差异蛋白质点，采用GeneOntologyAnnotation将已知差异蛋白质进行分类。比较蛋白质组学技术
2-DE分离、分析HIOEC、HB56和HB96细胞之间的差异蛋白质点双向凝胶电泳结束后，2-DE胶通过银染，可以较好地显示HIOEC、HB56和HB96细胞蛋白质点的分布情况比较蛋白质组学技术
筛选HIOEC、HB56和HB96细胞之间的差异蛋白质点比较蛋白质组学技术
采用PDQuest分析软件对HIOEC、HB56和HB96细胞之间进行两两比较，选择蛋白质丰度差异倍数在5倍以上的蛋白质点，并与原始2-DE胶进行比对，合并重复的蛋白质点，共得到用于进一步质谱分析的差异蛋白质点54个，其中位于HIOEC细胞2-DE胶的差异蛋白质点29个，位于HB56细胞2-DE胶的差异蛋白质点3个，位于HB96细胞2-DE胶的差异蛋白质点22个比较蛋白质组学技术
差异蛋白质点的鉴定比较蛋白质组学技术
以1号差异蛋白质点为例，经过胶内酶解、收集、提取、浓缩和除盐后，采用LC-MS/MS鉴定肽段，其总离子流图(图3)提示具有相对高丰度的肽段，经过MS/MS分析，得到相应的肽段序列比较蛋白质组学技术
将所有鉴定出的肽段序列，经过Bioworks软件搜索IPIhu-man蛋白质数据库，确定吻合率最高的蛋白质为候选差异蛋白质，即Calcyclin(S100A6)。其中，与Cal-cyclin蛋白质吻合的肽段数有14条，排除重复的肽段，独特性的肽段数有6条，这6条肽段与Calcyclin氨基酸序列(MACPLDQAIGLLVAIFHKYSGKEGDKNTLSKKELKELIQKELTIGPKLQDADIAKLMDDLDRNKDQVVNFQEYVTFLGALALIYNDALKG，黑色横线部分为吻合的氨基酸序列组合)吻合率达到36.67%比较蛋白质组学技术
最终的候选差异蛋白质汇总起来有45个。在45个差异蛋白质中，位于HIOEC细胞双向凝胶电泳胶中的差异蛋白质有26个比较蛋白质组学技术
鉴定蛋白质的分类比较蛋白质组学技术
根据蛋白质的功能，将以上鉴定出的已知差异蛋白质进行分类，采用的分类方法是GO注释(GeneO-tologyAnnotation)，主要分为3大类，分别与细胞组成(cellularcomponent)、分子功能(molecularfunction)和生物过程(biologicprocess)相关比较蛋白质组学技术
根据蛋白质的功能，将其中的已知差异蛋白质采用GO注释(GeneOntologyAnnotation)的分类方法。GeneOntology(GO)是GeneOntologyConsortium建立起来的数据库，旨在建立一个适用于各种物种、对基因和蛋白质功能进行限定和描述、并随着研究的不断深入而更新的语言词汇标准。GO是多种生物学本体论语言中的一种，作为一种整合性分类系统，提供了3层结构的子层次，用于描述基因及其产物的功能，包括细胞组成、分子功能及生物过程。比较蛋白质组学技术
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