在物种内就可以分化不同基因进化速率不同，同一基因在不同物种进化速率也不同，同一基因在不同时期进化速率可能也不同。不同物种中进化速率可能不同，求平均，可以把自然选择等其他因素给排除掉。基于系统发育分析，对生物的分类已经有很大的变化。从两界到五界再到现在的三域。由于系统发育树是基于基因从一代到下一代垂直传递的假设，因此这种水平传递事件的发生有助于解释为什么使用不同基因构建的树会产生不一致的结果。例如，研究人员发现，许多影响酵母（单细胞真核生物）代谢的基因更类似于细菌域的基因，而不是古菌域的基因——这表明真核生物可能与细菌拥有更近的共同祖先。蝾螈蜥蜴山羊人类美洲豹水平基因转移：1，寄生物与寄主或者被捕食物种与其天敌之间的物理接触过程中被转移。2，两个或多个有亲缘关系的物种偶尔杂交，且F1杂种与亲代物种回交，从而将基因由一个物种引入另一个物种的种群中。水平基因转移能够被检测到，因为该基因的基因树会将有别于其他的树。水平基因转移对细菌的进化非常重要，通过噬菌体、转化、接合等。变异程度演化时间建树原则请注意，“预测”可以指过去的未知事件以及尚未发生的进化变化。物种演化历史被记录在物种的基因组中，分子证据可以揭示其他证据（如比较解剖）不能揭示的物种间亲缘关系。1，形态基本不相关的生物类群（真菌和动物）。2，缺乏化石的现今生物之间。真菌与动物的亲缘关系较与植物亲缘关系更近分子发现证实了其他证据，即亚利桑那州的皮马人、墨西哥的玛雅人和委内瑞拉的亚诺马米人有密切关系，可能是大约15000年前从亚洲穿过白令大陆桥到美洲的三次移民浪潮中的第一波。以林奈为代表的传统分类学哪个群是蜥蜴的姐妹群？由于有共同祖先，亲缘关系近的物种可能是很相似的，但也有可能不相似，由于进化速率不同或者所处环境很不相同。生物的每个性状(例如后肢脚趾数目)都被称为性状(character)，一个性状可以有不同的性状状态(characterstate，人有五趾，犀牛有三趾，马有一趾)。