职能制组织结构特点：各级行政单位除主管负责人外，还相应地设立一些职能机构。各职能机构就有权在自己业务范围内向下级行政单位发号施令。优点：能充分发挥职能机构的专业管理作用，减轻直线领导人员的工作负担.缺点：形成了多头领导；不利于建立和健全各级行政负责人和职能科室的责任制，在中间管理层往往会出现有功大家抢，有过大家推的现象；另外，在上级行政领导和职能机构的指导和命令发生矛盾时，下级就无所适从，影响工作的正常进行，容易造成纪律松弛，生产管理秩序混乱。由于这种组织结构形式的明显的缺陷，现代企业一般都不采用职能制。

直线职能制特点：在直线制和职能制的基础上，取长补短，吸取这两种形式的优点而建立起来的。绝大多数企业都采用这种组织结构形式。一类是直线领导机构和人员，按命令统一原则对各级组织行使指挥权；直线领导机构和人员在自己的职责范围内有一定的决定权和对所属下级的指挥权，并对自己部门的工作负全部责任。另一类是职能机构和人员，按专业化原则，从事组织的各项职能管理工作。而职能机构和人员，则是直线指挥人员的参谋，不能对直接部门发号施令，只能进行业务指导。