CP2K安装.md2024-07-12
GROMACS_CP2K安装(CPU双精度版本)
不需要显卡，cp2k+GMX主要运算瓶颈在cp2k的QM部分，MM部分的耗时估计0.1%都不到
1.下载解压
1./cp2k/cp2k/releases/#下载最新版本即可2024.1
2./current/download.html#下载2022.5版本即可
3./plumed/plumed2/zip/refs/tags/v2.9.0#下载plumed，为gromacs打补丁
4.tar-xfcp2k-2024.1.tar.bz2#解压CP2K
2.安装cp2k
1.依赖安装1.
sudoapt-getinstalllibopenblas-de，libfftw3-dev,libfftw3-mpi-
dev,libibverbs-dev,liblapack-dev,imagemagick
pipinstallSphinx#缺什么依赖安装什么即可
2.检查并更新openmpi和fftw3及其他库版本:
mpirun--version
#mpirun(OpenMPI)4.1.5
#Reportbugsto/community/help/
dpkg-slibfftw3-dev|grepVersion
#Version:3.3.8-2ubuntu8
#低于这两个版本的请更新一下，并及时修改环境变量
#gromacs-2022.5要求openmpi最低为4.1版本，4.0的请更新
#使用fftw3能加速计算
#libxsmmf库安装，该库必须安装，或者在cmake时去掉-lxsmmf-lxsmm两个参
数即可
wget/hfp/libxsmm/archive/refs/tags/1.17.tar.gz
tar-xzf1.17.tar.gz
cdlibxsmm-1.17
make
sudomakeinstall
#构建软连接，不然不识别
cd/home/amax/biosoftware/xsmmf/libxsmm-1.17/lib
sudoln-slibxsmm.alibxsmm.so
sudoln-slibxsmmf.alibxsmmf.so
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CP2K安装.md2024-07-12
echoexport
LD_LIBRARY_PATH=/home/amax/biosoftware/xsmmf/libxsmm-