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基因预测与注释

基因预测的基本原理

基因预测是基因组数据分析中的一项重要任务，其目标是从基因组序列中识别出可能编码蛋白质的区域。基因预测可以分为两大类：基于从头（denovo）的方法和基于同源比较的方法。

1.基于从头的方法

基于从头的方法主要依赖于基因组序列本身的特征来进行预测。这些特征包括开放阅读框（ORF）、密码子使用偏好、基因结构（如外显子和内含子的分布）等。常见的从头基因预测工具包括：

GeneMark：利用隐马尔可夫模型（HMM）进行基因预测。

Glimmer：主要用于细菌和古菌基因组的预测，利用跨物种的密码子使用偏好进行预测。

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