真菌学鉴定具有一定的挑战性;自然界真菌无处不在，是一类极为兴旺的生物，已逐渐成为微生物学科的主流部分
过去被认为“污染菌”菌种，教科书中还没有致病菌描述的条件致病菌，从正常无菌部位，免疫受损病人中分离出;实验室技术人员必须认清该类菌种不断扩大潜在的致病性
想要具备认清并鉴定医学重要真菌的能力，学习形态学和熟悉主要结构的名词，真菌基本结构和分类的规律;真菌的形态学可简单分为霉菌和酵母菌
酵母通常是单细胞的，由母细胞自身的一部分形成的子细胞,无菌丝称酵母型,有假菌丝称类酵母型
霉菌是多细胞的菌丝交织成缠结结构称为菌丝体,有隔或无隔,分枝或不分枝,有色或无色菌丝
;真菌的繁殖靠形成的孢子、孢子分为无性或有性两种,无性孢子有两种类形：孢囊孢子和分生孢子
产孢囊孢子的无性孢子归为接合菌亚门：例如：根霉属（Rhizopus）和毛霉属（Mueor）
具有分生孢子是裸生的无性孢子，归为半知菌类，例如：曲霉、青霉、和皮肤真菌;单纯依靠真菌在宿主体内的寄生形态鉴定比较困难,如只能看到菌丝有无分隔,还需选择合适的培养基才能鉴定到种
半知菌是常见医学真菌,其有性特征未知,鉴定主要主要依靠孢子的形态,分生孢子梗和产孢细胞的特点
孢子类型的鉴定对于真菌的属种与判断极为重要;显微镜观察形态学是非常重要的步骤
某些真菌特异性结构是在感染病症是，显微镜直接检查确诊
如：血液和骨髓中荚膜组织胞浆菌
卡氏肺孢子虫菌孢囊的检测
皮炎芽生和粗球孢子菌的直接检测;Histoplasmacapsulatum-MicroscopicMorphology-Yeast,1000xGiemsa荚膜组织胞浆菌;Histoplasmacapsulatum-ColonialMorphology-Mold,Sabouraudagar组织胞浆菌25℃菌丝相
;;Histoplasmacapsulatum-MicroscopicMorphology-Mold,500x典型舵轮状大分生孢子;统计近一年内细菌室肺泡罐洗液;直接检查的局限性和潜在的问题，直接检查阴性结果，决不能排除真菌感染
错误的阳性结果也会出现：
如：墨汁染色中溶解的淋巴细胞错误认为新型隐球菌
胶原纤维被错误认为是病原体
脂肪滴容易与出芽酵母细胞混淆;可疑的发??通常需要多人审查，或用第二种方法来证实
强调：直接检查中一个错误的阳性结果比一个错误的阴性结果危害性更大。;真菌标本中不常见条件致病菌或环境中污染菌的区别;Rhizopusspecies-ColonialMorphology,Sabouraudagar根霉属;Rhizopusspecies-MicroscopicMorphology,100x根霉属假根,孢囊梗,孢子囊,孢子孢子
;Penicilliumspecies-ColonialMorphology,Sabouraudagar青霉属气生菌丝密毯状;Penicilliumspecies-MicroscopicMorphology,400xLactophenolcottonblue青霉属(帚狀枝,分生孢子);CladosporiumspeciesSabouraudagar
支孢霉属:28oC培养14天灰黑色短而密气生菌丝,真菌球,角膜真菌病
(卡氏支孢霉)
;Cladosporiumspecies枝孢霉属
分生孢子排列成向顶性分枝孢子链;真菌室培养阳性率最高的丝状真菌;直接镜检;Aspergillusflavus-在Sabouraud葡萄糖琼脂黄曲霉菌
生长快黄色表面粉末状;Aspergillusflavus-MicroscopicMorphology,100xLactophenolcottonblue黄曲霉菌(二列为主)分生孢子头、分生孢子梗、顶囊、瓶梗、梗基、分生孢子
;Aspergillusfumigatus-ColonialMorphology,Sabouraud葡萄糖琼脂培养基烟曲霉菌
;Aspergillusfumigatus-MicroscopicMorphology,100xLactophenolcottonblue(单列)分生孢子头、分生孢子梗、顶囊、瓶梗、分生孢子
;Aspergillusniger-ColonialMorphology,Sabouraudag