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2025年GROMACS计算方法研究与实践指南

摘要：GROMACS作为分子动力学（MD）模拟领域的主流开源软件，凭借高效的并行计算能力与灵活的功能拓展性，已成为生物物理、计算化学、材料科学等领域的核心研究工具。2025年，GROMACS在算法优化、硬件适配、特殊体系模拟等方面迎来多项关键突破，尤其在GPU通信架构革新、恒pH模拟方法升级、粗粒化模拟与进化算法融合等方向取得重要进展。本文系统梳理2025年GROMACS计算方法的核心技术原理、最新优化成果，结合典型应用场景阐述实操要点，并展望未来发展趋势，为相关领域研究人员提供全面、前沿的方法学参考。

一、GROMACS计算方法核心基础

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