目录
第一章前言1
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1.1.mA修饰的研究现状1
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1.1.1.动物细胞中mA修饰的研究1
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1.1.1.植物拟南芥中mA修饰的研究4
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1.1.2.mA测序技术的发展与应用5
1.2.APA研究现状6
1.2.1.APA多维度效应及功能影响6
1.2.2.APA调控与人类疾病发生发展的关系7
1.2.3.APA测序技术及分析工具8
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1.3.mA与APA的关联研究10
6
1.3.1.动物细胞中mA与APA的关联研究10
6
1.3.2.植物中mA与APA的关联研究11
1.4.本文工作12
第二章数据与方法14
2.1.数据14
2.1.1.人类细胞数据14
2.1.2.植物细胞数据15
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2.2.mA位点的识别与定量16
2.3.Poly(A)位点的识别与定量18
2.4.基于准二项式广义线性模型识别m6APAreg基因19
2.5.m6APAreg基因的功能解释与分析23
2.5.1.富集分析23
2.5.2.miRNA结合关系研究24
6
2.5.3.mA结合蛋白结合分析25
2.5.4.基因关键区域序列模体分析25
第三章结果26
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3.1.HeLa细胞中mA修饰对APA的调控分析26
3.1.1.m6APAreg基因的识别26
3.1.2.m6APAreg基因富集转录调控功能28
3.1.3.HeLa细胞的m6APAreg基因显著结合YTHDC131
3.1.4.HeLa细胞的m6APAreg基因显著结合miRNA32
3.1.5.m6APAreg基因的序列模体分析33
6
3.2.HepG2细胞中mA修饰对APA的调控分析34
3.2.1.m6APAreg基因的识别34
3.2.2.m6APAreg基因富集转录调控功能35
6
3.3.GSC11THP-1mAAPA36
和细胞中修饰对的调控分析
3.3.1.m6APAreg基因的识别36
3.3.2.m6APAreg基因富集负面调控功能37
6
3.4.拟南芥中mA修饰对APA的调控分析39
3.4.1.m6APAreg基因的识别39
3.4.2.m6APAreg基因富集细胞代谢和能量转换调控功能40
3.4.3.关键m6APAreg基因的分析42
3.4.4.拟南芥的m6APAreg基因显著结合CPSF30-L44
3.4.5.m6APAreg基因的序列模体分析45
3.5.m6APAreg基因的细胞特异性分析46
第四章总结与展望48
参考文献50
附录62
攻读硕士期间的研究成果64
致谢65
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mRNA的mA修饰对选择性多聚腺苷化的调控作用研究