b、肽键是一个平面——肽键平面（peptideplane）或酰胺平面（amideplane），肽键中4个原子及两个相邻的C?位于一个平面上。第30页，共61页，星期日，2025年，2月5日c、在大多数情况下，肽键为反式构型（例外：Pro有顺反两种构型）。在反式构型中，两个C?原子及其取代基团互相远离，在顺式构型中，它们互相接近，引起C?上的R基团之间的空间位阻。因而反式构型比顺式构型稳定。（尽管绕肽键旋转存在很大的障碍，但肽单位可以选择两种可能构象中的一种：反式（trans）构象，或顺式（cis）构象。）第31页，共61页，星期日，2025年，2月5日例外：在X-pro序列中的肽键，它可以是顺式的，也可以是反式的（因为四氢吡咯环引起的空间位阻消去了反式构型的优势），从而导致相关多肽链或蛋白质的不同构象。（）C?C?C?C?第32页，共61页，星期日，2025年，2月5日由于连接在两个a-碳上的侧链基团之间的立体干扰，不利于顺式构象的形成，对伸展的反式构象的形成有利，因此蛋白质中几乎所有的肽单位都是反式构象。但也有例外，一般都出现在脯氨酸的酰胺氮参与的肽键，只是顺式构象引起的立体干扰比反式构象多些。通过X-射线晶体分析发现蛋白质中大约有6％的脯氨酸残基处于顺式构象．第33页，共61页，星期日，2025年，2月5日2、多肽链的构象★多肽链可以看成由Cα串联起来的无数个酰胺平面组成第34页，共61页，星期日，2025年，2月5日★当Φ(Ψ)旋转键两侧的主链呈顺式时，规定Φ(Ψ)=0°
?
★从Cα沿键轴方向看，顺时针旋转的Φ(Ψ)角为正值，反之为负值。
第35页，共61页，星期日，2025年，2月5日?由于空间位阻，实际的取值范围相当有限。
??和?所规定的构象能否存在，主要取决于两个相邻肽单位中非共价键合原子之间的接近有无阻碍。
第36页，共61页，星期日，2025年，2月5日可允许的?角和?角拉氏构象图(Ramachandranplot)：根据非键合原子之间的最小接触距离确定二面角（?，?）的允许范围。以?为横坐标，以?为纵坐标，在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图。Cα上的R基的大小与带电性影响?和?第37页，共61页，星期日，2025年，2月5日ARamachandrandiagramshowingthestericallyreasonablevaluesoftheangles?and?.一般允许区最大允许区?-157o~-53o-180o~-45o?-60o~-40o-71o~-22o或+92o~+179o+20o~+180o第38页，共61页，星期日，2025年，2月5日⑴深蓝色区域：允许区，非共价键合原子间的距离大于一般允许距离，此区域内任何二面角确定的构象都是允许的，且构象稳定。⑵浅蓝色区域：不完全允许区，非共价键合原子间的距离介于最小允许距离和一般允许距离之间，立体化学允许，但构象不够稳定。⑶灰色区域区域：不允许区，该区域内任何二面角确定的肽链构象，都是不允许的，此构象中非共价键合原子间距离小于最小允许距离，斥力大，构象极不稳定。L-Ala残基的拉氏构象图，横坐标为?的取值，纵坐标为?的取值。第39页，共61页，星期日，2025年，2月5日Gly的Φ、Ψ角允许范围很大。总之，由于原子基因之间不利的空间相互作用，肽链构象的范围是很有限的，对非Gly氨基酸残基一般允许区占全平面的7.7%，最大允许区占全平面22.5％。第40页，共61页，星期日，2025年，2月5日三、α-螺旋(P10)早在1951年，Pauling和Corey根据对一些简单化合物，例如氨基酸、二肽以及三肽的X-射线晶体图的研究数据，提出了两个周期性的多肽结构：a-螺旋（a-helix）和b-折叠（b-sheet）结构，它们是许多纤维蛋白和球蛋白的主要的二级结构。第41页，共61页，星期日，2025年，2月5日第42页，共61页，星期日，2025年，2月5日LinusPauling（1901－1994）第43页，共61页，星期日，2025年，2月5日第1页，共61页，星期日，2025年，2月5日氨基酸(aminoacid，aa)是蛋白质多肽链的基本结构单位，或称构件分子、构造单元（buildingblock）。TheSame20AminoAcidsServeasBuildingBlocksforAl