定义差异
正刊：正刊是指其刊物信息在国家新闻出版总署登记备案，持有唯一的国内统一连续出版物编号和国际标准连续出版物编号，并领取《期刊出版许可证》的杂志社按照所申报的刊期，如期公开发行的正式刊物。它是经过严格审核的正式出版物，具有学术性、专业性和严肃性，用于发表高质量的研究成果和学术论文。
套刊：套刊是指使用其他出版物的刊号，一个刊号出多个刊物，其中只有一个为正刊，其余均为套刊。这类刊物多是为了创收而出现的“一号多刊”情况。
特征区别
刊号使用
正刊：拥有独立且唯一的国内和国际刊号（CN和ISSN），这是其合法身份的重要标识，并且该刊号与刊物信息在国家新闻出版总署备案完全相符。
套刊：多个刊物共用一个刊号，表面上刊号信息与正刊一致，但实际上是非法套用正刊刊号。比如有些套刊会分别标为上旬刊、中旬刊、下旬刊，或者标以学术版、理论版等，其国内刊号、国际刊号和邮发代号看似和正刊一样。
出版形式
正刊：有固定的出版周期，如常见的月刊、季刊等，且按照申报的刊期如期发行。正式刊物一般还拥有独立的邮发代号，可以在邮政系统订阅。
套刊：出版形式较为复杂多样，有的会以类似正刊“衍生版”的形式出现，在刊物名称上冠以某某版，如《英语·学术版》；或者在不显著的位置用小字体标出“中旬刊”“下旬刊”字样，但与正刊几乎没有明显区别。而且套刊在邮局通常无法订阅，一般只能邮寄给作者。
数据库收录情况
正刊：通常被知网、万方、维普等主流数据库收录，可以在这些数据库中正常检索到发表的文章，其学术成果能得到广泛传播和认可。
套刊：部分套刊也能上知网，且在知网的期号可能是连续的，但如果在龙源期刊网查原貌版可能会露出破绽。不过，并不是所有套刊都能被数据库收录，即便收录，其认可度也远低于正刊。
认可度差异
正刊：是目前被认可度最高、最为可靠的刊物，在学术研究、职称评定、成果认定等方面都具有重要的参考价值。各单位在评定职称、考核业绩等工作中，基本上只认可在正刊上发表的论文。
套刊：在很多地方，尤其是学校、事业单位等评定职称时不被认可。发在套刊上的论文往往无法得到单位的承认，可能会给作者带来损失。