临床分子病理试验室二代基因测序检测专家共识
近年二代基因测序（next-generationsequencing，NGS）技术迅速发展，其应用已進展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。国内外有关學會已出台有关共识与指南以推進其在临床中的应用。中华醫學會病理學分會和中国抗癌协會肿瘤病理专委會前期组织病理、临床、生物信息等专家進行了充足讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、成果解讀等方面作规范和提议，以规范NGS在分子病理领域的应用。
临床分子病理试验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、多种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋標本和血浆/血液標本等。本共识特色是基于病理评估的组织样本（FFPE、新鲜）的规范。测序分析范围基于目前临床需求，本共识著重在于目的区域测序（panel）分析的实践。伴随技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。
一、试验室总体规定
NGS检测试验室的总体设计与规定应参照《分子病理诊断试验室建设指南（试行）》、《醫疗机构临床基因扩增检查试验室工作导则》、《個体化醫學检测质量保证指南》、《肿瘤個体化治疗检测技术指南》、《個体化醫學检测试验室管理措施》、《测序技术的個体化醫學检测应用技术指南（试行）》進行。
1.NGS检测人员的资质规定：NGS检测技术人员应具有临床病理學、分子生物學的有关专业大专以上學历，并通過NGS技术的理论与技能培训合格。数据分析人员应具有临床醫學或分子生物學或遗传學知识背景并經生物信息學培训。最终汇报应由中级或硕士以上具有病理學背景、經培训合格的本單位执业醫師或者授权签字人（醫學博士學位或高级职称）审核。
2.NGS检测试验室的区域设置规定：原则上NGS试验室应當有如下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕捉区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。各工作区空气及人员流向需要严格按照《醫疗机构临床基因扩增检查试验室工作导则》。分区可根据实际状况合并，不過在前处理和建库時，血液样本应与组织样本分開。
3.NGS检测试剂及项目规定：试剂和测序平台均应选择中国食品药物监督管理总局（CFDA）承认产品。波及到试验室自配试剂，应當有严格的试剂制备原则操作规程（SOP），需通過临床试验室自建项目（LDT）验证合格才可使用。每個NGS检测项目在验证時需要根据建库措施、测序平台和分析工具以及不一样的突变类型包括，單碱基突变singlenucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷贝数变异Copynumbervariations（CNVs）、染色体构造变异，structuralvariation（SVs）以及不一样的样本类型（如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等）對特定panel的精确性、精确性、敏感性、特异性等性能参数進行LDT验证。应當有通過原则品测试的在不一样的mutantallelefrequencies（MAF）下，不一样测序深度的敏捷度及特异性数据，确定不一样样本的可信的测序深度。經验证後，SOP发生的任何改動，包括试剂、仪器、基因项目等都需要重新做验证。验证试验成果签名留底立案。
4.NGS检测试验室的质量管理规定：NGS检测重要包括试验操作和生物信息學分析两部分。试验操作部分包括样本准备、文库制备、编码（barcoding）、目的区域富集、测序等；生物信息學分析部分包括定位（mapping）、比對、变异识别、变异注释、变异解讀及汇报等。上述流程均需要建立试验室质量管理体系文献和SOP及机器运行和维护SOP，具有严格的室内质控措施；定期参与室间质评以有及持续的质量保证和改善计划。
二、NGS分析样本、基因panel和转运规定
NGS分析样本类型可采用FFPE样本、新鲜组织、多种体液上清液、体液离心细胞块石蜡包埋標本和血浆/血液標本等。
對于肿瘤体细胞变异初次NGS检测应首选經病理评估的组织样本，在此数据基础上的再次检测可选用液体样本動态监测。
NGS检测前需通過病理诊断明确其肿瘤的性质及含量，根据不一样肿瘤类型选择合适的基因panel测序。
不一样疾病的基因panel列表，必须由临床与检测机构的专家共同决定，已到达不一样试验室之间的可比性和完善性。
未經病理评估的基因检测成果不可單独用于分子病理临床诊断目的。
样本质量對检测成果和分析至关重要，病理醫師需要對可评估的样本深入明确病理诊断，并评价標本有無出血、壞死和不利于核酸检测的前处理（例如含HCl脱钙液处理），病变细胞（如肿瘤细胞）的总